Stepwise origin and evolution of a cryptic antimicrobial peptide in mammalian lactoferrin
该研究通过复活哺乳动物祖先的乳铁蛋白，揭示了其内嵌的抗菌肽乳铁乳素如何通过逐步积累带正电荷和疏水性氨基酸，从最初破坏细菌膜演化为具有强效杀菌功能的免疫分子，并指出近期自然选择（特别是大猿类中的关键位点）进一步增强了其抗病原体的能力。
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451 篇论文
Phylo-Movies: Animating Phylogenetic Trees from Sliding-Window Analyses
Phylo-Movies 是一款浏览器及桌面应用程序，通过将连续系统发育树之间的拓扑差异分解为可解释的子树迁移并进行动画展示，有效解决了滑动窗口分析中比较树结构变化的难题，从而辅助识别重组断点和检测不稳定的分类群。
The fate of mutations on Y chromosomes andautosomes: a unified Wright-Fisher frameworkaccounting for segregation time
该研究构建了一个统一的两性二倍体 Wright-Fisher 模型，结合扩散近似与数值工具，在考虑分离时间的基础上深入分析了 Y 染色体与常染色体上突变（包括过显性突变）的固定概率及演化命运，揭示了 Y 染色体特有特征如何显著影响突变在有限时间尺度内的演化轨迹。
Module-selection balance in the evolution of modular organisms
该研究通过扩展费舍尔几何模型发现，在具有变异模块性的基因型 - 表型 - 适合度映射中，种群会达到一种“模块选择平衡”状态，即不同功能性状以相同速率进化，这一机制不仅约束了长期性状演化，还在大肠杆菌长期进化实验的宏基因组数据中得到了验证。
Disentangling shape and size in a population of unusually large Threespine Stickleback (Gasterosteus aculeatus) from Vancouver Island, British Columbia
本研究利用三维几何形态测量学证实，不列颠哥伦比亚省萨里塔湖的三刺鱼种群因雌性繁殖选择、敞水生态位及捕食压力等因素，在发育过程中发生了非等比生长，导致其体型显著增大且头骨背向扩张、骨盆装甲更为粗壮。
An HSP90-released reduced-eye phenotype alters light-dependent behaviour in Tribolium castaneum
该研究首次证实，红拟步甲中由 HSP90 抑制释放的“小眼”表型通过改变眼睛形态降低了光敏感度，进而减弱了惊跳反应和负趋光性，这种适应性行为变化揭示了 HSP90 作为进化电容在促进有益行为变异中的关键作用。
Distribution of genetic paternity in primate groups
该研究通过构建包含 52 种野生灵长类动物超过 3000 个亲子关系的公开动态数据库，利用贝叶斯回归模型发现虽然系统发育有一定影响，但群体组成（如单雄/多雄结构及配对模式）是决定优势雄性父权份额的关键因素，而繁殖季节性则未显示出预测作用。
Evidence of latency reshapes our understanding of Ebola virus reservoir dynamics
该研究通过一种新的系统发育模型证实，埃博拉病毒在宿主库中可能经历长达数十年的潜伏期，这一发现彻底重塑了我们对病毒在流行间歇期持续存在机制及其在中非地理传播历史的认知。
How much information is there for inferring species trees?
该研究提出了一种新的系统发育信息含量度量方法，发现当数据具有信息量时增加数据量有助于物种树推断，而当数据缺乏信息量时，仅筛选最具信息量的基因位点子集反而能获得更优的物种树推断结果。
The geometry of gametic dispersal in a flying mammal, Rhinolophus hipposideros
该研究首次通过父权分析和种群归属，分别估算并综合了少菊头蝠的出生地与交配扩散距离，揭示了交配扩散在约 11 公里范围内显著促进基因流动并产生长尾分布特征，从而量化了基因流与个体流解耦的机制。
Functional analysis of the Nematostella Wnt/β-catenin destruction complex provides insight into the evolution of a critical regulatory module in a major metazoan signal transduction pathway
该研究通过结合生物信息学、AlphaFold3 结构预测及功能实验，揭示了刺胞动物（如海葵）中 Wnt/β-catenin 信号通路破坏复合物的进化机制，证明其利用祖先 RGS 结构域中的低亲和力结合位点调控信号，并阐明了该模块在两侧对称动物祖先中通过模体复制与优化演化为高亲和力系统的过程。
Partitioning the genomic journey to becoming Homo sapiens
该研究指出，尽管现代人与尼安德特人在形态和文化上存在差异，但两者共享近期基因组获得，且现代人类特有的少数功能变异未能渗入尼安德特人，表明两者应被视为同一人类物种下独立积累突变与文化创新的种群。
Mutualistic rhizobia harbor genetic variation for traits related to parasite infection
该研究通过定量遗传实验证明，作为营养共生体的根瘤菌不仅自身携带与宿主抗寄生虫感染相关的遗传变异，还能通过基因型互作影响宿主的抗病性，从而揭示了营养共生关系可能是驱动宿主防御性状进化的重要力量。
Effect of population structure and stabilizing selection on quantitative genetic variation
该研究通过解析推导与模拟发现，在空间同质稳定选择下的亚群结构中，存在一个临界迁移率阈值，低于该阈值时种群结构会显著增加群体内的遗传变异，且在此阈值附近不同亚群间的遗传基础最为相似，这对跨群体全基因组关联分析（GWAS）的可迁移性具有重要影响。
The emergence and molecular evolution of H5N1 influenza viruses in United States dairy cattle
该研究通过全基因组和分段系统发育分析，揭示了 H5N1 病毒（B3.13 和 D1.1 基因型）于 2023 年底和 2024 年底从野生鸟类溢出至美国奶牛群体，并在经历数月的隐匿传播后，因放松的纯化选择而加速进化并发生适应性突变，凸显了加强奶牛基因组监测以评估人畜共患风险的紧迫性。
Signal, noise, and bias in phylogenetic inference:potential and limits to the resolution of phylogenetic trees in the phylogenomic era
该研究通过推导解析模型揭示了系统发育信号、随机噪声和系统偏差在基因组尺度数据中截然不同的累积规律，阐明了为何在某些演化难题中即便增加海量数据也无法克服噪声或偏差的干扰，从而为理解系统发育推断的极限、优化实验设计及准确构建生命之树提供了理论基础。
The Speciation Continuum in Bloom: Incomplete Lineage Sorting, Gene Flow, and Reticulate Evolution in Rapidly Diverging Plant Lineages
本研究通过整合系统基因组学、群体遗传学和物种界定方法，揭示了在快速分化的*Petunia*（矮牵牛）类群中，不完全谱系分选和基因流导致物种界限模糊及网状进化模式，表明传统系统发育树难以准确反映其演化历史，唯有综合多维分析才能厘清其中仅四个为独立物种、其余处于分化连续体中的复杂关系。
Phylogenomics of the mega genus Bulbophyllum (Orchidaceae) and implications for its infrageneric classification
本研究利用 63 个质体基因对全球 322 种大花蕙兰属植物进行了系统发育基因组学分析，构建了迄今最全面的系统发育框架，不仅确认了该属的五大主要演化支系，还首次揭示了亚洲支系内部的分化模式，并为该超多样属的分类修订及演化研究奠定了坚实基础。
To self or to clone? Southern European woodland strawberry genotypes self-fertilize, whereas eastern European genotypes clone in a pollinator-free common garden.
该研究通过在无传粉者环境下对欧洲野生草莓进行共同花园实验，揭示了其自交与克隆繁殖能力之间存在权衡关系，且自交能力主要受南-北梯度（与花部结构相关）驱动，而克隆倾向则主要受东-西梯度影响。
Range-wide genetic population structure and environmental adaptation in the eastern oyster (Crassostrea virginica) provides insight for aquaculture
该研究利用 200K SNP 芯片对美洲牡蛎（Crassostrea virginica）进行了首次全分布范围的基因组分析，揭示了其种群结构、环境适应性及人类活动影响，为培育具有气候韧性的水产养殖品种提供了关键遗传靶点和科学依据。