Sexual Selection as a Mechanism of Evolutionary Information Preservation
该论文提出性选择通过费雪氏协同进化机制，将历史上适应性的性状作为“进化信息”长期保存，使其能在环境波动中快速重新激活，并通过基于代理的模拟证实了雌性偏好比雄性性状本身更能有效地充当这种适应性结构的持久档案。
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257 篇论文
进化生物学探索生命如何随时间变化与适应，揭示从微小基因变异到复杂物种形成的奇妙旅程。在这里，我们关注生命之树的生长脉络，解读自然选择如何塑造地球上纷繁多样的生物形态。
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下方为您呈现近期在进化生物学领域发布的最新研究论文。
Evolutionary landscapes of zygotic genome activation across animals
该研究通过构建涵盖 13 个门 61 种动物的早期胚胎转录组图谱，揭示了合子基因组激活（ZGA）的时序虽差异巨大但可由核质比稳健预测，且其激活过程遵循由母源因子与 DNA 含量化学计量关系调控的、具有高度灵活性的深层保守分子逻辑。
Dismantling Chromosomal Stasis Across the Eukaryotic Tree of Life
该研究通过分析 55 个真核生物类群中超过 6.3 万个核型数据，揭示了染色体数目演化速率存在高达 844 倍的巨大差异，且这种差异主要受生活史和种群结构驱动而非深层系统发育约束，从而打破了“鸟类等类群染色体长期停滞”的传统认知。
Posterior simulation-based calibration tests of phylogenetic dating methods
本文利用后验模拟校准（Posterior SBC）方法对 BEAST 2 软件中的系统发育定年算法进行了测试，结果表明尽管节点年龄估计存在固有的理论识别极限，但该软件的推断机制在针对 Indo-European 词汇和 Tabanidae rRNA 数据集的分析中表现良好且无偏差。
Host retargeting predominated over gene transfer during early chromatophore integration in Paulinella micropora
该研究通过严格的系统基因组学分析表明，在*Paulinella micropora*早期色素体整合过程中，尽管水平基因转移丰富了宿主基因组并提供了部分代谢功能，但色素体靶向蛋白组主要由宿主垂直遗传基因的重定向所主导，从而支持了宿主重定向在早期细胞器化中起主导作用的混合模型。
The pangenome of Aspergillus fumigatus highlights the dynamics of gene gain-loss over evolutionary timescales in a human fungal pathogen
该研究通过构建包含 1000 多个菌株的 Aspergillus fumigatus 泛基因组，揭示了该人类真菌病原体在百年尺度上通过受限制的基因增益与丢失（特别是 Starship 相关元件）驱动适应性进化，并阐明了这种结构化的附属基因组动态是抗真菌耐药性产生的重要机制。
LAVA: a method for identifying local and global adaptation in structured populations
本文介绍了 LAVA 方法，这是一种基于贝叶斯线性混合效应模型的 R 语言工具，旨在通过比较不同人口历史层级下的祖先加性遗传方差估计值，在复杂的结构化种群中更准确地区分局部与全局适应，从而克服传统 Qst-Fst 比较因假设简化而导致的假阳性问题。
Viral disease outcomes are indistinguishable between experimentally infected bats and rodents
这项基于 86 年实验感染数据的综合分析表明，蝙蝠感染病毒后的疾病严重程度和死亡率与啮齿动物并无显著差异，从而挑战了蝙蝠因独特免疫系统而能无症状携带病毒并因此成为独特抗病毒药物来源的普遍观点。
A critical look at directional random walk modeling of sparse fossil data
本文通过模拟与实证分析指出，在化石数据测量误差较大的情况下，广义最小二乘法（GLS）比 Hunt（2006）提出的广义随机游走模型更适用于推断定向进化趋势，因为后者在步长方差难以估计（常需设为零）时会导致进化斜率被低估或高估。
Bacterial strain structure shapes the trajectory of antibiotic resistance genes from plasmid to chromosome
该研究通过随机多菌株模型揭示，细菌种群结构形成的屏障延缓了抗性基因从质粒向染色体的整合过程，导致质粒介导的耐药性在种群中长期占据主导地位，表明当前抗性基因的分布并非进化终点，而是一个持续数十年的过渡状态。