evolutionary biology 篇论文

进化生物学探索生命如何随时间变化与适应，揭示从微小基因变异到复杂物种形成的奇妙旅程。在这里，我们关注生命之树的生长脉络，解读自然选择如何塑造地球上纷繁多样的生物形态。

Gist.Science 直接从 bioRxiv 获取该领域最新预印本，并对每一篇论文进行处理。我们提供通俗易懂的科普解读与详尽的技术摘要，帮助读者跨越专业门槛，第一时间掌握前沿发现。

下方为您呈现近期在进化生物学领域发布的最新研究论文。

本研究结合统计学与系统发育动力学建模，揭示了尽管在 2020–2024 年全球大流行期间大多数 H5Nx 重配株仅是瞬时存在的，但一小部分主要源自欧洲的“主要”毒株，在特定野生鸟类目持续循环及更广泛宿主生态位检测等生态因素的驱动下，实现了广泛的成功。

本研究表明，在流行病前沿演化的寄生虫经历了生态-进化反馈，即对宿主扩散的选择导致了毒力的降低和传染性的增强，并最终加速了流行病的传播速度。

通过利用端粒到端粒的灵长类基因组和长读段数据，本研究建立了一个比较框架，揭示了串联重复序列受到稳定选择和定向选择的双重作用，并发现人类与黑猩猩在神经发育和基因调控方面的特定适应性进化特征。

这项研究揭示了超保守的人类组蛋白基因在 AID/APOBEC 酶的作用下表现出出人意料的高生殖系突变率，从而导致多种疾病，并引入了 HistMTR 框架以有效表征这些突变的致病性。

本文通过在结构化序列合并过程（structured serial coalescent）下推导能够使迁移与合并解耦的成对谱系演化方程，提出了一种用于估计高分辨率、时变迁移率的计算可行推断框架，从而解决了利用时空基因组数据进行人口统计学推断中的可识别性挑战。

本研究将富含半胱氨酸的重复序列（CysRReps）鉴定为一种普遍的分子标记，用于追踪从多种细菌、古菌和病毒向真核生物广泛进行的水平基因转移，这表明存在一种促进跨域遗传交换的共同机制。

本研究确定了 BZ1 基因的一种罕见隐性缺失是导致常春藤牵牛（*Ipomoea hederacea*）花青素缺失的具体遗传原因，从而为分离并研究花青素生物合成对适应度的影响提供了一个独特的模型，且该模型不会对其他黄酮类化合物途径产生混淆性影响。

通过将单细胞表达数据与生物物理模型相结合，本研究表明，虽然基因表达参数通过协调的进化系统漂变以维持平均水平，但转录爆发率受到强烈的选择约束，这很可能是由最小化表达噪声的需求所驱动的。

这项研究表明，尽管濒危的魔鬼洞鳒鱼由于长期的小种群规模而具有极低的遗传多样性和高度固定的遗传负荷，但仍持续遭受由近亲繁殖以及一种包含心肌病相关突变的特定隐性致死单倍型所驱动的严重胚胎早期死亡。

本文介绍了一种协同进化感知的祖先序列重建框架，该框架将系统发育推断与直接耦合分析相结合以强化上位效应约束，从而生成更准确且在功能上更具合理性的祖先蛋白质系综，克服了传统独立位点模型的局限性。